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Responsável pela execução das políticas públicas de defesa sanitária animal e vegetal. Visando a preservação do meio ambiente, da saúde pública, focadas no desenvolvimento do agronegócio. Os fiscais do Instituto verificam a origem dos produtos expostos à venda, armazenamento correto dos insumos, validade e germinação dos mesmos, se estão dentro dos padrões estabelecidos por normas estaduais e federais. Também auxiliam no controle de pragas e doenças de origem animal. Tais atividade  são:

·        Cadastro de produtor rural

·        Cadastro no Portal de Serviços do Produtor Rural

·        Declarar vacinação de bovinos e bubalinos contra febre aftosa e brucelose

·        Ficha sanitária animal

  ·        Guia de Trânsito Animal (GTA) de bovinos, bubalinos, suínos, aves, equídeos caprinos ovinos e outras espécies animais

·        Certificação de produtos agropecuários

·        Registro de estabelecimento comercial de produtos de uso veterinário, agrotóxicos, sementes e mudas

·        Registro de granja avícola comercial

·        Cadastrar Unidade de Produção de Vegetais

·        Guia de Trânsito de Vegetal - GTV

·        Permissão de Trânsito de Vegetal - PTV

·        Realizar o controle de morcegos hematófagos